Roux-en-Y胆总管空肠吻合术适用于：1.良性肝外胆管狭窄。肝总管以下的良性胆管狭窄多与损伤有关。手术后（腹腔镜胆囊切除或开放法胆囊切除）肝外胆管狭窄因手术时损伤肝外胆管约占80%～90%，继发于手术后胆管周围炎症、感染和缺血只占10%～20%。2.胆总管末端狭窄。胆管末端的炎性瘢痕狭窄，在胆道镜观察下可见组织炎性改变，括约肌呈闭锁不全，此时虽可通过8mm探条，由于括约肌功能不全，仍有胆汁郁滞表现，此种情况，多因胆管末端结石引起。慢性胰腺炎亦可引起胆管末端狭窄。3.十二指肠乳头开口部憩室，由此引起反复胰腺炎和胆管炎发作。4.先天性胆道畸形，如先天性胆总管囊性扩张，囊肿切除后的胆道重建。5.胆道消化道吻合口狭窄。6.难以切除的胆管癌和胰头癌。