引起淋病后综合症的原因可分为感染性和非感染性两种。
1、感染性因素
(1)衣原体或支原体感染，患者虽自诉曾用过多种抗生素，如青霉素、头孢菌素、壮观霉素等多种药物，但这些药物对衣原体、支原体无效。
(2)其他菌群感染如革兰阳性杆菌、大肠杆菌、表皮葡萄球菌、棒状杆菌，克雷伯菌、甲型链球菌等。
(3)病毒、寄生虫、酵母菌、加特纳菌等。
2、非感染原因 较常见。物理性因素或化学性打击，如：
(1)器械性尿道扩张所致尿道损伤。
(2)不合适的化学性药物尿道洗涤(如药物浓渡过大，或打击性强的药物)。
(3)无菌性前列腺炎，淋菌性前列腺炎经过治疗，淋球菌虽已消失，但仍可遗留前列腺不适，前列腺液检查白细胞计数不增高，淋球菌培养阴性。
(4)心理障碍即使临床及实验室各项检查均为阴性，但患者仍怀疑淋病未治癒，常怀有恐惧、焦躁、抑郁(淋病恐惧症)。
(5)尿道微生物虽已被清除，但粘膜下结缔组织的增加，组织水肿尚未恢复，也可在修复进程中尿路组织仍残留炎症未完全不见，甚至引发般痕形成，形成尿道狭窄，致排尿不畅，或尿频、排尿或射精时疼痛。
应当小心的是，对淋病后综合症的患者还应排除再感染，是否其性伴或配偶已患淋病或非淋菌性尿道炎、宫颈炎，未经治疗又进行性接触，所以说对患者的性伴及配偶也要选择治疗和检查，在未治癒前应停下性生活。
