在临床工作中，尽管医护人员用了种种方法来治疗尖锐湿疣，但尖锐湿疣的复发率仍然很高，国内有人统计近期复发率达38%,国外报道达30%-95%,真正复发的原因目前尚不清楚，但通常认为尖锐湿疣复发的原因为:
1.无特异的治疗的手法:
目前多采用激光、电凝、冷冻等物理治疗.加用干扰素等免疫调节剂全身用药，以及局部外用药物治疗和中西医联合治疗。这些方法的临床治愈率均不能达到100%，即任何一种方法均不能保证全部消除病毒。
2.亚临床感染及潜伏感染:
这是临床复发的主要因素，尽管出现临床症状的尖锐湿疣已被治愈，但在患者非皮损区仍存在亚临床感染和潜伏感染,67%的潜伏感染可发展成临床感染。已有人用pCR法在尖锐湿疣患者非皮损区及尿道检出HpV,在排除再感染的情况下.潜伏感染导致复发的可能机理是:
(1)直接使非皮损区产生新的临床和亚临床皮损;
(2)CO2激光或外用药等局部治疗后，通过溃疡周围HpV感染细胞修复溃疡上皮过程使原发皮损部再发新的皮损;
(3)尖锐湿疣患者尿道内约60%的潜伏感染成为颇有传染危险的HpV病灶，既可造成性伴间的传染，也可通过自身接种感染造成尖锐湿疣复发。
3.感染HpV后，不仅表皮存在HpV,而且真皮也存在HpV:
治疗的深度一般达不到真皮深层。国内一些主任采用VCR方法于复发患者真皮内检测到HpVDNA.可能也是复发的原因。复发患者真皮内检测到HpVDNA的解释为:
(1)表皮内朗格汉斯细胞(LC )在表皮内吞噬HpV DNA，然后游走到真皮。
(2)基底细胞的液化坏死变性导致HpV颗粒释放到真皮乳头层。
(3)一过性的HpV病毒血症导致真皮内含有HpV。
4.尖锐湿疣患者的细胞免疫功能降低，使病毒长期持续存在于体内，对尖锐湿疣的复发有着重要影响:
免疫功能障码的患者.特别是以细胞免疫功能不正常者发生HpV感染的机会很大的增加，细胞免疫系统缺陷可能是某些难治性尖锐湿疣复发的原因。
